El marco de la implementación de la doctrina de seguridad nacional, en la región latinoamericana las dictaduras identificaron a las universidades públicas, en ejercicio de la autonomía y libre pensamiento, como parte del enemigo interno, pues en sus recintos se formaban subversivos. La ocupación militar y el establecimiento de organismos de control internos afines a las dictaduras fue la receta aplicada en el continente a finales de los años 60, y se profundizó en las décadas de 1970 y 1980.
Por ejemplo, en Brasil, tras el golpe de Estado que derrocó al gobierno democrático del presidente Joao Goulart en 1964, la dictadura instala una política de vigilancia e infiltración de las universidades que busca, entre otras cosas, la represión de la autonomía universitaria y la liquidación del pensamiento crítico como parte de una estrategia antisubversiva.
En Argentina, un mes después un golpe militar que derrocó al gobierno constitucional de Arturo Illia, el 29 de julio de 1966, mediante el decreto 16.912, la dictadura estableció la intervención de las universidades nacionales que, desde finales de la década de 1950, se regían por los principios de autonomía y cogobierno. La intervención de las universidades fue un antecedente a las violaciones de derechos humanos que se ejecutaron de manera sistemática entre 1976 – 1983.
En México, la Universidad Nacional Autónoma (UNAN) fue intervenida por el ejército el 18 de septiembre de 1968: ocupan las instalaciones y detienen a estudiantes, profesores y trabajadores universitarios que se encontraban en la ciudad universitaria.
La intervención a las universidades por parte de las dictaduras militares se extendió en la región latinoamericana durante las décadas de 1970 y 1980; por ejemplo, en Uruguay, mediante el decreto 321/973, la dictadura intervino la Universidad de la República (UDELAR). En Chile, el 11 de septiembre de 1973, a partir del golpe de Estado al gobierno de Salvador Allende, la dictadura no solo intervino militarmente las universidades y detuvieron a cientos de estudiantes y profesores, sino que impuso (mediante el decreto 50) la designación de rectores, delegados en cada una de las universidades; en Guatemala, el ejército intervino militarmente la Universidad de San Carlos el 3 de septiembre de 1985 y justificó la operación militar con el argumento que la ciudad universitaria era un centro de narcotráfico y subversión.
En Colombia, las universidades estatales fueron atacadas, saqueadas y su comunidad reprimida en el marco de la lucha contrainsurgente. El 26 de febrero de 1971, la Universidad del Valle fue ocupada por la policía militar y los estudiantes masacrados; similar situación vivieron las universidades de Córdoba, del Atlántico y la Popular del César que ahora son reconocidas como víctimas del conflicto armado y por tanto, sujetos colectivos de reparación.
En el caso de la Universidad de El Salvador, la represión a la comunidad universitaria inició con la dictadura militar de Maximiliano Hernández Martínez en 1932. El general Hernández Martínez organizó una política de espionaje y persecución a los estudiantes universitarios integrados a la Asociación General de Estudiantes Universitario (AGEUS).
La primera intervención a la Universidad de El Salvador se ejecuta el 2 de septiembre de 1960, por orden del presidente José María Lemus. Las instalaciones fueron tomadas por la policía; docentes, estudiantes y trabajadores fueron golpeados y detenidos, incluidos el rector, Doctor Napoleón Rodríguez Ruíz, y el secretario general, Dr. Cuéllar Milla, quienes según las crónicas de la época, resultaron con fracturas.
Entre los años 1970 a 1992, durante la aplicación de la Doctrina de Seguridad Nacional, el Estado salvadoreño persiguió, desapareció y ejecutó a la población civil que consideró «enemigos internos» desde los años previos al conflicto armado interno hasta la finalización del mismo con la firma de los Acuerdos de Paz.
Los llamados cuerpos de seguridad – Guardia Nacional, Policía Nacional, Policía de Hacienda, Agencia de Seguridad Salvadoreña (ANSESAL), Organización Democrática Nacionalista (ORDEN), las secciones de inteligencia militar y los batallones militares especializados como BIRI Atlacatl, BIRI Atonal, BIRI Ramón Belloso, BIRI Eusebio Bracamonte y BIRI Manuel José Arce – se dedicaban a la vigilancia y persecución, tanto en el área urbana como rural, de religiosos, estudiantes y trabajadores, a quienes consideraron subversivos, como lo manifestó el general Carlos Eugenio Vides Casanova: «me atrevo a afirmar que para obtener resultados absolutos contra la agresión comunista, debemos fortalecer una estrategia nacional, que nos permita lanzar una ofensiva integral y constante, coherente y coordinada en todos los campos del quehacer nacional, que nos permita confortar con inteligencia, revertir con justica, y neutralizar, eliminar o destruir con energía, según los casos, las causas que explota, las bases en las que se apoya, y los efectos del accionar subversivo» (Fragmento de Memorias de Labores del Ministerio de Defensa y Seguridad Pública, año 1983).